상속재산에 포함되는 금융재산이라고 하더라도 상속개시 전 증여한 금융재산 및 상속개시 전에 인출한 예금 등 사용처가 불분명해 상속세 과세가액에 가산하는 추정 상속재산은 금융재산 상속공제를 받을 수 없다.
또 상속개시 당시 현금 또는 수표로 보유하고 있는 상속재산은 공제받을 수 없다. 즉 상속개시 당시 금유회사에 예치돼 있는 금융재산, 보유하고 있는 비상장 주식, 법인이 직접 발행한 회사채 동안 금융재산 상속공제 대상이 된다.
상속세 신고를 하지 않거나 상속세 신고시 누락한 금융재산이 있는 경우에도 금융재산 상속공제가 가능하다. 피상속인이 차명으로 예금한 금액이 상속재산에 포함된 경우에도 금융재산 상속공제를 받을 수 있다.
이 경우 상속개시일 현재의 예금 잔액에 미수이자 상당액을 더하고 원천징수 소득세 상당액(이자소득세 및 지방소득세)을 뺀 금액을 금융재산가액으로 본다.
피상속인의 사망으로 인해 상속이 개시되는 경우 금융감동원에 금융재산 일괄조회 신청을 해서 금융재산을 먼저 파악해야 한다.